熊本大学（日文平假名：くまもとだいがく；英文：Kumamoto University），位于日本九州熊本市的一所研究型国立大学，日本超级国际化大学计划成员。

该校起源于宝历年间的1756年7月，由熊本藩藩主细川重贤建立的药学院“蕃滋园”，距今已有260多年历史 。其前身熊本医科大学为当时日本最顶级大学群”旧官立大学“（七帝大，六医大，二文理科大，二工科大，二商科大）中“旧六医大”的一员。

该校向来以其出色的科研实力闻名国际，由该校満屋裕明教授于1985年开发出的世界最初的HIV治疗药AZT。2007年被授予”紫绶褒章“，2015年被授予“日本学士院奖”，并多次被提名为诺贝尔奖候补。诺贝尔生理或医学奖获得者山中伸弥教授为该校发生医学研究中心的客员教授。 池田勇人、佐藤荣作两位日本首相早年皆就读于熊本第五高等学校（后并入熊本大学）。在1974年佐藤荣作获诺贝尔和平奖。

2020年QS世界大学排名，位列531-540区间。2021年QS世界大学排名，位列561-570区间。